中国科学院生态环境研究中心始建于1975年，时为国务院批准成立的中国科学院环境化学研究所，于1986年与中国科学院生态学研究中心（筹）合并建立中国科学院生态环境研究中心，是中国第一个全国性生态环境领域综合性研究机构。
中国科学院生态环境研究中心主要学科方向为持久性有毒污染物的环境过程与控制、环境污染的健康风险、污染水体修复与饮用水安全保障技术、人与自然耦合机制、城市与区域可持续发展理论与对策、环境生物技术的理论与应用。力争在环境污染的健康效应与危害机制、饮用水复合污染机理、过程与控制、生态系统服务形成机理和生态效益评估等三个领域取得重大突破；重点培养新型污染物的识别及毒性效应、京津冀环境多介质复合污染协同削减与调控、城市化的生态环境效应与生态管理、大气污染成因与关键污染物控制技术、环境纳米材料与污染控制、污染物定向生物转化、固体废弃物资源化利用技术等方向。
根据2021年8月官网显示，中国科学院生态环境研究中心有3个国家重点实验室、1个国家工程实验室、2个中国科学院重点实验室、5个所级实验室及若干支撑服务系统平台；设有二级学科博士点6个、二级学科硕士点6个以及专业学位硕士点2个。截至2020年底，中国科学院生态环境研究中心有职工501人
1972年斯德哥尔摩全球环境会议后，1973年中国召开了第一次全国环境保护工作会议，环境问题开始纳入政府日程。 [2]
1974年8月，中国科学院将《关于筹建环境化学研究所的请示》的文件上报国务院。
1975年1月，国务院同意在怀柔化学研究所二部的基础上，筹建环境化学研究所。3月，以原中国科学院化学研究所二部（包括十四室一部分）和有机分析室一部分研究力量为基础（共约250多人），正式宣布组建中国科学院环境化学所，所址北京市怀柔县雁栖湖畔。
1985年10月，中国科学院决定在环境化学研究所、生态学研究中心筹备组的基础上，建立中国科学院生态环境研究中心。
1986年8月，中国科学院同意将中国科学院环境化学研究所与生态学研究中心筹备组合并，建立中国科学院生态环境研究中心。9月，经中国科学院有关部门和院领导批准，中国科学院环境评价部成立，院内29个研究所参加，其建制归属生态环境研究中心。
1989年，中国科学院生态环境研究中心与清华大学、北京大学、北京师范大学共同建立环境模拟与污染控制国家重点联合实验室。
1993年，中国科学院生态环境研究中心化工楼落成，环境水化学国家重点实验室迁入。
生态科研楼
1996年5月，中国科学院和国家环境保护总局协商决定，正式签署对生态环境研究中心实行中国科学院、国家环境保护总局双重领导协议书（期限10年）。
1997年，中国科学院生态环境研究中心进入中国科学院首批科研基地型试点研究所。
1998年，中国科学院生态环境研究中心进入中国科学院北京地球科学基地。
1999年11月，中国科学院成立中国科学院国情研究中心，其行政管理和后勤服务由生态环境研究中心负责。
2013年5月，依托环境水质学国家重点实验室公用仪器平台建立的中国科学院生态环境研究中心水质分析实验室通过国家认证认可监督管理委员会计量认证扩项评审。10月，城市与区域生态国家重点实验室安西极旱荒漠国家级保护区野外科研基地在甘肃瓜州正式挂牌成立。
2014年2月，中国科学院生态环境研究中心与亚热带农业生态研究所在长沙签订野外台站生态环境研究合作框架协议。
2016年8月，由中国科学院生态环境研究中心牵头建设的高浓度难降解有机废水处理技术国家工程实验室通过评审。
2017年6月，中国科学院生态环境研究中心与云南大学举行合作协议签约仪式。 [3]
2020年3月，中国科学院生态环境研究中心“北京怀柔综合性国家科学中心协同创新交叉研究平台-环境污染物识别与控制协同创新平台项目”奠基暨开工仪式在密云举行。
